Στις 24 Ιουνίου 1992, το Οικουμενικό Πατριαρχείο εκλέγει τον Μητροπολίτη Αναστάσιο, ως τον πρώτο Αρχιεπίσκοπο μετά την εγκαθίδρυση της δημοκρατίας. Αυτή η εκλογή θα μπορούσε να θεωρηθεί και ως εκ νέου αναγνώριση και ανανέωση του Αυτοκεφάλου της Ορθόδοξης Αυτοκέφαλης Εκκλησίας της Αλβανίας, που είχε τεθεί υπό αμφισβήτηση μετά την ολοκληρωτική καταστροφή που υπέστη η Εκκλησίας μας από το κομμουνιστικό καθεστώς. Το γεγονός αυτό ήταν συνάμα και η ανακήρυξη της καλής είδησης ότι η Εκκλησία της Αλβανίας ήταν ζωντανή και γεμάτη ζωή και θα μπορούσε να συνεχίζει να επιτελεί το πνευματικό έργο με το φως του Θεού και προς όφελος του συνόλου της αλβανικής κοινωνίας.
Ο Αρχιεπίσκοπος Αναστάσιος αφίχθη στην Αλβανία τον Ιούλιο του 1991 ως Πατριαρχικός Εξαρχος, για να διαπιστώσει τι είχε απομείνει πίσω από τα αθεϊστικά ερείπια. Πολύ γρήγορα, ο Μακαριώτατος έγινε αγαπητό και σεβαστό όνομα για την Εκκλησία μας, ενώ έχαιρε προ πολλού καιρού ιδιαίτερη εκτίμηση απ’ όλες τις Ορθόδοξες Εκκλησίες στον ευρύτερο κόσμο. Το όνομά του δεν έγινε μόνο συνώνυμο της ανάστασης της Εκκλησίας στην Αλβανία, αλλά θεωρήθηκε ως ιεραπόστολος στους σύγχρονους καιρούς, ως πρωτεργάτης του διαλόγου μεταξύ των διαφορετικών θρησκειών και πολιτισμών, της ειρήνης και της αγάπης για όλους, της μέριμνας για τους φτωχότερους και τους ανθρώπους σε ανάγκη και του σεβασμού προς την ελευθερία και την αξιοπρέπεια κάθε ατόμου, οποιοδήποτε κι αν είναι αυτό.
Την Εκκλησία μας είχε ταλαιπωρήσει αρκετά η μακρόχρονη πορεία της οθωμανικής κατοχής. Μετά την Ανεξαρτησία της χώρας, μόνο επί δύο έτη ήταν ελεύθερη να εξελιχθεί κανονικά, μετά και την ανακήρυξη του Αυτοκεφάλου, διότι ακολούθησε η φασιστική κατοχή και ο αθεϊστικός κομμουνιστικός διωγμός. Ετσι, τα πρώτα χρόνια της δημοκρατίας τη βρήκαν εντελώς κατεστραμμένη, χωρίς κανέναν επίσκοπο και με μόνο 15 κληρικούς στα βαθιά γηρατειά τους. Δύσκολα να ήσουν αισιόδοξος για το μέλλον. Αλλά ό,τι φαντάζει αδύνατο για τους ανθρώπους, είναι δυνατό για το Θεό, ο Οποίος έστειλε έναν άνθρωπο που κατόρθωσε να κάνει αυτό που λέγεται το θαύμα της Ορθόδοξης Εκκλησίας της Αλβανίας.
Η περίπτωση της χώρας είναι μοναδική στην παγκόσμια ιστορία. Είναι η πρώτη φορά που μία Εκκλησία βρισκόταν χωρίς την ιεραρχία της. Για την επίλυση αυτού του τόσο ζωτικού όσο και λεπτού θέματος, απαιτείτο οπωσδήποτε μία διεθνής πρωτοβουλία. Απαιτείτο ώστε εκείνος που θα ηγείτο της Εκκλησίας μας για την ανασύσταση από τα ερείπια, να ήταν αποδεκτός από την Ορθόδοξη Κοινότητα, από τις αρχές του κράτους και να εδύνατο να διατηρήσει το Αυτοκέφαλο. Κι ο Αρχιεπίσκοπος Αναστάσιος τα κατόρθωσε όλα αυτά κι άλλα περισσότερα. Οι τεράστιες προσπάθειές του, από τις πρώτες μέρες, για την εκπαίδευση του ορθόδοξου κλήρου στη χώρα, αρχικά νοικιάζοντας έναν χώρο στην παραλία του Δυρραχίου και στη συνέχεια με την οικοδόμηση της Θεολογικής Ακαδημίας στον Αγιο Βλάση, που κτίστηκε με κονδύλια που ο ίδιος συγκέντρωσε, συνιστούν αποφασιστικές προσπάθειες για την εδραίωση της ανεξαρτησίας της Εκκλησίας μας. Η ανάσταση της Εκκλησίας απαιτούσε τη συγκρότηση εκκλησιαστικής ιεραρχίας, την κατάρτιση των κατάλληλων στελεχών που θα διοικούσαν την Εκκλησία, την κατάρτιση κληρικών και θεολόγων και, πάνω απ’ όλα, την ανασύσταση του οικονομικού αυτοκεφάλου, αφού οι περιουσίες που υφαρπάχτηκαν, στην πλειοψηφία τους δεν επιστράφηκαν. Ανω των 150 ντόπιοι ιερείς, εκατοντάδες κτίρια και διοικητικά κέντρα, νέα ή ανασυγκροτημένα, δεκάδες αναστηλωμένοι ναοί –μνημεία πολιτισμού, ένα ακέριο σύστημα εκπαιδευτικό και κοινωνικής πρόνοιας που δεν προϋπήρχε, η ανασυγκρότηση από την ανυπαρξία της εκκλησιαστικής οικονομίας, είναι μόνο μερικά απ’ αυτά τα θαύματα.
Ολο αυτό το έργο έτυχε της αναγνώρισης, όχι μόνο των ορθόδοξων πιστών, αλλά του συνόλου της αλβανικής κοινωνίας. Ο Πρόεδρος Ιλλύρ Μέτα, επί της ευκαιρίας της απόδοσης της αλβανικής ιθαγένειας, στην επιστολή προς τον Αρχιεπίσκοπο Αναστάσιο, θα έγραφε μεταξύ των άλλων: «Επί 25 χρόνια ως Αρχιεπίσκοπος Τιράνων, Δυρραχίου και Πάσης Αλβανίας, συνεισφέροντας με αφοσίωση για την πλήρη κανονική και πνευματική ανασύσταση της Ορθόδοξης Αυτοκέφαλης Εκκλησίας της Αλβανίας, στην ανασύσταση και ανασυγκρότηση των κτιρίων της ορθόδοξης πίστης, στην ανάσταση, καλλιέργεια και διαφύλαξη της παράδοσης πολλών αιώνων της ορθόδοξης πίστης στην Αλβανία και την κατασκευή έργων στον τομέα της εκπαίδευσης, υγείας, κοινωνικής πρόνοιας, αγροτικής ανάπτυξης, πολιτισμού και περιβάλλοντος στην Αλβανία, έχετε αποδείξει ότι καθοδηγείστε από την πίστη, την αγάπη, την ειρήνη, την ελπίδα και τα ιερά έργα και διδάγματα του Θεού…».
