Η Αγία Μαρίνα γεννήθηκε στην Αντιόχεια της Πισιδίας, στη Μικρά Ασία. Στα χρόνια του αυτοκράτορα Κλαυδίου του Β’, το 270 μ.Χ. Η μητέρα της πέθανε λίγες μέρες μετά τη γέννα. Ενώ ο πατέρας της Αιδέσιος, που ήταν Ιερέας των ειδώλων, ανέθεσε τη διαπαιδαγώγηση της σε μια χριστιανή γυναίκα, από την οποία η Μαρίνα διδάχθηκε το Χριστό.
Όταν η Αγία Μαρίνα έγινε δεκαπέντε χρονών, αποκάλυψε στον πατέρα της, ότι είναι χριστιανή. Έκπληκτος εκείνος απ’ αυτό που άκουσε, τη διέγραψε από παιδί του. Έπειτα, το έμαθε και ο έπαρχος Ολύμβριος, ο οποίος διέταξε να τη συλλάβουν για ανάκριση. Τότε προσπάθησε με κάθε τρόπο να την πείσει, να αρνηθεί το Χριστό. Εκείνη δεν δέχθηκε. Στη συνέχεια, ο έπαρχος έδωσε εντολή να τη βασανίσουν σκληρά και να τη φυλακίσουν. Όμως δεν σταμάτησε εκεί, αφού στο τέλος ζήτησε να την αποκεφαλίσουν. Με αυτό τον τρόπο πήρε το άφθαρτο στεφάνι της αιώνιας δόξας.
Τα άγια λείψανα της φυλάγονταν στην Κωνσταντινούπολη, μέχρι την πρώτη άλωση της από τους Λατίνους, το 1204 μ.Χ.. Σύμφωνα με άλλες πηγές, βρισκόταν μέχρι το 908 μ.Χ. στην Αντιόχεια και στη συνέχεια μεταφέρθηκαν στην Ιταλία. Σήμερα, τα άγια λείψανα της Αγίας Μαρίνας φυλάσσονται σε διάφορους ναούς ανά τον κόσμο και η χάρη της εορτάζεται κάθε χρόνο στις 17 Ιουλίου.
Η ίδια συχνά συγχέεται με την Αγία Πελαγία (καθώς «Μαρίνα» είναι το αντίστοιχο λατινικό του ελληνικού ονόματος «Πελαγία»), η οποία ήταν γνωστή ως Μαργαρίτα. Όμως στην πραγματικότητα, η Αγία Μαρίνα δεν ταυτίζεται με την Αγία Πελαγία, καθώς η πρώτη προερχόταν από την Αντιόχεια της Πισιδίας, ενώ η δεύτερη ήταν από την Αντιόχεια της Συρίας.
Μιλώντας για την Αγία Μαρίνα, το μυαλό κυρίως των Κρητικών πηγαίνει αμέσως στο χωριό της Βόνης· όπου εκεί βρίσκεται η Ιερά Μονή της. Η ιστορία της οποίας είναι μακραίωνη. Αφού ήδη από το 14ο – 15ο αιώνα υπήρχε ένα μικρό εκκλησάκι, στο μέρος που ανάβλυζε το αγίασμα και ιδιοκτήτης του ήταν, ένας Τούρκος, ο Χοσρέφ Πασά. Εκείνος δεν άφηνε να γίνει η ανέγερση του μοναστηριού. Όμως λέγεται ότι κάποια στιγμή και τα τρία παιδιά του Τούρκου ασθένησαν, τότε η Αγία Μαρίνα επενέβη και τα θεράπευσε. Μετά από αυτό το γεγονός ο τούρκος άλλαξε γνώμη και η ιδιοκτησία της εκκλησία πέρασε στα χέρια του Καπαρουνάκη.
Στο εσωτερικό του ναού υπήρχαν τοιχογραφίες, πιθανότατα της βυζαντινής περιόδου. Από τους τοίχους του σωζόταν μόνο ο ανατολικός τοίχος του ιερού, με μια μικρή πηγή -βρυσίδι όπως ονομάζεται στα χωριά της Κρήτης- από την οποίο πήγαζε και το αγίασμα. Στον τοίχο αυτό διατηρούνται μέχρι σήμερα φθαρμένες τοιχογραφίες.
Ο Καπαρουνάκης ανοικοδόμησε το ναό εκ βάθρων το 1901 και ξεψύχησε λίγο διάστημα πριν τα εγκαίνια του. Ο τάφος του υπάρχει εξωτερικά του αρχικού ναού. Έκτοτε, το εκκλησάκι αυτό ανακαινίστηκε και κτίστηκε γύρω του η γυναικεία μονή της Αγίας Μαρίνας.
Κάθε χρόνο η εκκλησία αποτελεί πόλο έλξης χιλιάδων πιστών που έρχονται από όλα τα μέρη της Ελλάδος με σκοπό είτε να προσευχηθούν και να προσκυνήσουν, είτε να ευχαριστήσουν την Αγία για κάποια χάρη που τους έκανε. Αρκετοί μάλιστα από τους προσκυνητές, διαμένουν εκεί από την παραμονή (16 Ιουλίου) έως την επόμενη μέρα‧ οι περισσότεροι εξ’ αυτών είναι ολόκληρες οικογένειες. Ενώ την ημέρα της εορτής της Αγίας Μαρίνας πολλά παιδιά βαπτίζονται και παίρνουν το όνομα της.
Επιπλέον, από την Ιερά Μονή πέρασαν μέχρι και σήμερα πολλές γυναικείες ασκητικές μορφές. Αυτό μπορεί να γίνει αντιληπτό, από τις πληροφορίες που υπάρχουν για την ιστορία της Ιεράς Μονής· αλλά και τις προφορικές μαρτυρίες, όπου έχουν καταγραφεί τα ονόματα των γυναικείων μοναχών που συνδέονται μαζί της. Πρόκειται για τις μοναχές-γερόντισσες: γερόντισσα Μακαρία από τα Αϊτάνια, γερόντισσα Μαρίνα από το Ρέθυμνο, μοναχή Μακαρία από τις Μάλες, μοναχή Αγαθονίκη από τα Χανιά, μοναχή Αγαθαγγέλη από τα Χανιά, μοναχή Νεκταρία από τα Καλύβια, γερόντισσα Μαρίνα από το Πεύκο, γερόντισσα Τιμοθέη από το Θραψανό, τη σημερινή γερόντισσα Μαρίνα από την Αλιτζανή – Αρχοντικό, τη μοναχή Θεολογία που είναι επίσης από την Αλιτζανή – Αρχοντικό και τη μοναχή Θεολογία από το Πειραιά.
Με τη πάροδο των χρόνων χρειάστηκε να οικοδομηθούν και άλλα κτήρια, καθώς το πλήθος των προσκυνητών που επισκέπτεται κάθε χρόνο την παραμονή αλλά και ανήμερα την Ιερά Μονή αυξάνεται συνεχώς. Πιο συγκεκριμένα, ανεγέρθηκε το μοναστηριακό συγκρότημα με τα κελιά και τους χώρους υποδοχής και διαμονής των προσκυνητών. Επίσης, ιδρύθηκε το 1976 το γυναικείο μοναστήρι με την επωνυμία «Ιερά Γυναικεία Κοινοβιακή Μονή Αγίας Μαρίνης» της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης, με υπουργική απόφαση που εκδόθηκε στις 30/7/1976. (αριθμ. ΦΕΚ 1039/τ. Β΄/23-08-1976)
Τέλος, εναν αιώνα ακριβώς μετά την ανέγερση του μικρού ναού της Αγίας Μαρίνας στη Βόνη, ιδρύθηκε το 2001, η Ιερά Μητρόπολη Αρκαλοχωρίου, Καστελλίου και Βιάννου. Έκτοτε η Ιερά Μονή της Αγίας Μαρίνας υπάγεται διοικητικά στη νεοσυσταθείσα Μητρόπολη, την οποία διοικεί ο σεβασμιώτατος Μητροπολίτης κ. Ανδρέας Νανάκης.
