Ο π. Θεόδωρος Ζήσης μιλώντας στο Focus Fm και το δημοσιογράφο Στέφανο Δαμιανίδη αναφέρθηκε και στην αναγνώριση από το Οικουμενικό Πατριαρχείο της σχισματικής εκκλησίας των Σκοπίων. «Αρχικά στενοχωρηθήκαμε όλοι διότι θεωρήσαμε ότι πρόκειται για μία επανάληψη της προδοτικής συμφωνίας των Πρεσπών. Ουσιαστικά αναγνωρίζει το Πατριαρχείο ότι υπάρχει εκεί ένα έθνος, ανεξάρτητα από τη διευκρίνηση της μη χρήσης του όρου Μακεδονική Ορθόδοξη εκκλησία, αλλά του όρου Αρχιεπισκοπή Αχρίδας. Διότι όπως έγινε με το Βόρεια Μακεδονία που εγκαταλείφθηκε το Βόρεια και όπου βρεθούν οι Σκοπιανοί λένε ότι είναι Μακεδόνες, το ίδιο θα γίνει και τώρα. Θα ισχυρίζονται ότι είναι η Μακεδονική Ορθόδοξη εκκλησία. Ουσιαστικά επαναλαμβάνεται από πλευράς εκκλησιαστικής, η συμφωνία των Πρεσπών».
«Το Οικουμενικό Πατριαρχείο έχει μία συγκεκριμένη δικαιοδοσία. Ο Οικουμενικός Πατριάρχης είναι πρώτος μεταξύ ίσων. Τώρα όμως θέλει να είναι πρώτος άνευ ίσων και ακολουθεί τον Πάπα, παραβαίνοντας τους κανόνες της εκκλησίας. Βρισκόμαστε ήδη σε πολύ δύσκολη κατάσταση, δημιουργούμε σχίσματα».