Η Μονή βρίσκεται στις δυτικές παρυφές του Υμηττού, λίγο πιο πάνω από τον οικισμό Παπάγου και κοντά στο Δημοτικό Κοιμητήριο.
Είναι αφιερωμένη στον Αγιο Ιωάννη Θεολόγο και υπάγεται εκκλησιαστικά στην Αρχιεπισκοπή Αθηνών. Εορτάζει στις 26 Σεπτεμβρίου (Μετάσταση Αγίου Ιωάννου Θεολόγου) και στις 8 Μαΐου.
Ο Δημήτριος Καμπούρογλου έγραφε στις αρχές του προηγούμενου αιώνα για το μοναστήρι: «…Περί της Μονής ταύτης…ουδέν σχεδόν μέχρι τούδε γνωρίζομεν. Ο βίος και αι τύχαι αυτής εισίν όλως άγνωστοι. Ο ναός μαρτυρεί ακμήν, τα περί αυτόν ερείπια καταστροφάς».
Για τη χρονολογία ανεγέρσεως της Ιεράς Μονής υπήρξε έντονη διχογνωμία μεταξύ των διακεκριμένων αρχαιολόγων του 20ου αιώνος μ.Χ., εξαιτίας της πλήρους ανυπαρξίας γραπτών πηγών για αυτήν.
Παλαιότερα θεωρείτο ότι ανηγέρθη τους πρώτους Μεταβυζαντινούς χρόνους (σύμφωνα με τους Μ. Χατζηδάκη, Αν. Ορλάνδο και K. Krautheimer), ενώ σήμερα (κατά τους Γ. Σωτηρίου καιΧαρ. Μπούρα) οι εκτιμήσεις τείνουν να τοποθετήσουν την ανέγερση του Καθολικού στην περίοδο της Τουρκοκρατίας, κάπου μεταξύ του 15-17ου αιώνος μ.Χ..
Από την πλευρά του ο ακαδημαϊκόςΙ. Θεοδωρακόπουλος διατυπώνει την άποψη, σύμφωνα με την οποία, στη θέση του Καθολικού προϋπήρχε αρχαίος Ναός της θεάς Αρτέμιδος και αργότερα παλαιοχριστιανικός ναός της Παναγίας (5ου αιώνος μΧ.).
Αντίθετα, την ανέγερση του Ναού την ανάγει περί τον 12ο αιώνα μ.Χ., του νάρθηκα στον 13-14ο αιώνα μ.Χ., ενώ τα λοιπά κτίσματα της Μονής στον 16ο αιώνα μ.Χ..
Παλαιότερα ήταν τόσο έντονη η πεποίθηση ότι η Ιερά Μονή ανήκει στα βυζαντινά μνημεία, που ολόκληρο το οικοδομικό συγκρότημα κηρύχθηκε «προέχον βυζαντινό μνημείο» με αντίστοιχο Βασιλικό Διάταγμα του 1921. Ομως, το γεγονός ότι τα λοιπά κτίσματα του Μοναστηριού -τράπεζα, εστία, οψοφυλάκιο, πύργος- καθώς και οι διασωθείσες αγιογραφίες εσωτερικά του Ναού είναι Μεταβυζαντινής περιόδου, ώθησαν τους σύγχρονους αρχαιολόγους να κατατάξουν και το Καθολικό στα Μεταβυζαντινά Μνημεία.
Πάντως τις πρώτες σποραδικές γραπτές μαρτυρίες εν είδη απλής αναφοράς για το Μοναστήρι συναντούμε σε πηγές του 17ου αιώνος μ.Χ..
Είναι η εποχή που η Ιερά Μονή αρχίζει σιγά- σιγά ναπαρακμάζει, ενώ κατά τον 18ο αιώνα μ.Χ. (από το 1.702 μ.Χ. και εντεύθεν) και για τον λόγο αυτόν προσαρτήθηκε στην Ιερά Μονή Πετράκη ως μετόχι της. Αργότερα και για ένα χρονικό διάστημα και μετά η Ιερά Μονή φέρεται να σταμάτησε να λειτουργεί.
Η επαναλειτουργία της Μονής ως γυναικείο ησυχαστήριο έγινε το1942, για να μετατραπεί τελικά σε κοινοβιακή Ιερά Μονή περίπου τριάντα χρόνια αργότερα το 1971. Η γυναικεία αδελφότητα που εγκαταστάθηκε τότε, ανακαίνισε πλήρως το Μοναστηριακό συγκρότημα, αναγείροντας παράλληλα ατυχώς νέες ακαλαίσθητες κατασκευές, προς εξυπηρέτηση των αναγκών τους.
Από το αρχικό μοναστικό συγκρότημα, που περιβάλλεται από ορθογώνιο περίβολο, διατηρούνται έως σήμερα εκτός από το καθολικό, η τράπεζα, το οψοφυλάκιο, η εστία και ο αμυντικός πύργος της Μονής.
Η παράδοση λέει ότι όταν σπούδαζε ο Μέγας Βασίλειος στην Αθήνα, μελετούσε εδώ, γεγονός που προσδίδει ξεχωριστό κύρος στη Μονή.
Σε έγγραφο του έτους 1722 αναφέρεται η πώληση της περιοχής της Ιεράς Μονής στην Ιερά Μονή Πετράκη. Στη συνέχεια η Ιερά Μονή σταμάτησε να λειτουργεί για αρκετά χρόνια.
Από στοιχεία απογραφής του έτους 1896 προκύπτει ότι ήταν μετόχι της Ιεράς Μονής Πεντέλης. Το έτος 1920 διέθετε 2 κελιά, τα οποία φαίνεται να εγκαταλείφτηκαν το έτος 1925. Το ίδιο έτος αυτόπτες μάρτυρες αφηγούνται ένα θαύμα. Την 25η Σεπτεμβρίου και περί ώρα 11:30 – 12:00 νυχτερινή εμφανίσθηκε ο Τίμιος Σταυρός στον ουρανό, φωτεινός και λευκός, σκεπάζοντας όλη την Ιερά Μονή.
Την 10η Φεβρουαρίου του έτους 1942 (εορτή του Αγίου Χαραλάμπους), η γερόντισσα Μαρτίνου Μαγδαληνή επαναλειτούργησε την Ιερά Μονή σαν γυναικείο Ησυχαστήριο, για να επισημοποιηθεί σαν Ιερά γυναικεία κοινοβιακή Μονή Αγίου Ιωάννου Θεολόγου – Παπάγου αργότερα το έτος 1971.
