H μοναδική αρχιτεκτονική της καινοτομία, αποτελεί αντικείμενο μελέτης για τους μηχανικούς που ασχολούνται με την στατική κτηρίων στα τμήματα του Πολυτεχνείου. Πρόκειται για το σπουδαιότερο βυζαντινό μνημείο της Άρτας, αριστούργημα της βυζαντινής τέχνης με δικού της τύπου βασιλικό ρυθμό. Άρχισε να χτίζεται το 1260 από τον Μιχαήλ Β´ Άγγελο Κομνηνό -Δούκα που ήταν Δεσπότης της Ηπείρου και την γυναίκα του βασίλισσα Θεοδώρα, την κατοπινή Αγία Θεοδώρα και πολιούχο της Άρτας. Ο επιβλητικός ναός εκπλήσσει και εντυπωσιάζει ακόμα και σήμερα με τον γλυπτό πλούσιο διάκοσμο, τα ψηφιδωτά και τις τοιχογραφίες του. Αυτό όμως που τον κάνει μοναδικό είναι η αρχιτεκτονική έμπνευση και πρωτοπορία.
Η πατέντα με τον τρούλο που αιωρείται Ο αρχιτέκτων και πρωτομάστορας της εποχής, θέλοντας να κρατήσει τον τρούλο- στον οποίο δεσπόζει το ψηφιδωτό του Παντοκράτορα- ορατό από την είσοδο, αλλά και για να υπάρχει ευρυχωρία και επαρκής φωτισμός, επινόησε και εφάρμοσε ένα πρωτότυπο και ιδιαιτέρως τολμηρό σχέδιο στήριξης του τρούλου. Κατόρθωσε να στηρίξει τον τρούλο με μια εντυπωσιακή μέθοδο, αποφεύγοντας να βάλει κολόνες στο κέντρο του ναού. Στις τέσσερις γωνιές της εκκλησίας τοποθέτησε από ένα ζευγάρι παραστάδες (κολόνες στήριξης). Πάνω σε αυτές έβαλε οριζοντίως κορμούς κιόνων πακτωμένους στους τοίχους. Στο ελεύθερο τμήμα αυτών που εξείχαν προς το εσωτερικό του ναού, τοποθετήθηκε ένας δεύτερος όροφος από κίονες και έτσι με αυτό το σύστημα, δηλαδή κολόνα σε κολόνα, οδηγήθηκε με ένα πυραμοειδές σχήμα και με σχεδόν αιωρούμενους κίονες προς τον τρούλο.
Ο λαϊκός θρύλος με τον πρωτομάστορα που ζήλεψε μέχρι θανάτου τον βοηθό του Σύμφωνα με την παράδοση, το κτίσιμο του ναού ειχε αναλάβει ένας σπουδαίος πρωτομάστορας. Ενώ οι εργασίες είχαν προχωρήσει αρκετά, αυτός επειδή ήταν περιζήτητος κλήθηκε να βγάλει τα σχέδια για μια άλλη εκκλησία. Αποφάσισε τότε να φύγει για λίγο αναθέτοντας στον βοηθό του τη συνέχιση του έργου μέχρι να επιστρέψει.
Ο βοηθός του όμως, που ήταν ιδιαίτερα ευφυής και καλαίσθητος, άλλαξε τα σχέδια του πρωτομάστορα και το έχτισε με τον δικό του τρόπο. Όταν ο πρωτομάστορας επέστρεψε και είδε την εκκλησία ολοκληρωμένη , εντελώς διαφορετική και ασύγκριτα πιο όμορφη από τα δικά του σχέδια, ζήλεψε. Ο φθόνοςο τον οδήγησε στα άκρα και αποφάσισε να εκδικηθεί το βοηθό του, Κάλεσε τον κάλφα στην κορυφή της στέγης προφασιζόμενος ότι ήθελε να του υποδείξει μια ατέλεια. Εκείνος πιστεύοντας ότι το έργο του ήταν αψεγάδιαστο, ανέβηκε μαζί του για να δει τι ήταν αυτό που βρήκε ο πρωτομάστορας. Όταν έσκυψε για να δει, ο πρωτομάστορας τον έσπρωξε στο κενό. Εκείνος όμως πρόλαβε να πιαστεί πάνω του και έτσι παρασύρθηκαν και οι δύο. Ο θρύλος λέει ότι τα σώματά τους έχουν απολιθωθεί και βρίσκονται σαν δυο κόκκινες πέτρες στον περίβολο του ναού.
Ο θρύλος συνεχίζεται και υποστηρίζει ότι η Παναγία εμφανίστηκε στη μάνα του κάλφα για να την παρηγορήσει για τον άδικο χαμό του γιου της και γι “αυτό η εκκλησία ονομάζεται Παρηγορήτισσα ή Παρηγορήτρια. Σήμερα ο ναός έχει χαρακτηριστεί ως μνημείο το οποίο υπάγεται στην 8η εφορεία βυζαντινών αρχαιοτήτων.
